柔軟なカスタマイズ機能によりユーザが自由にテーブルや項目を追加、項目の表示設定を変更、情報抽出用クエリを作成することができます。また、再利用可能なデータインターフェースとユーザインターフェースを提供するソフトウェア開発キット（SDK）を使って、さまざまなニーズに応じた追加機能を開発することができます。

• ユーザ定義項目 -- アイテム、取引先、伝票などのあらゆる対象に、自由にユーザ独自の項目を追加設定して管理することができます。ユーザ定義項目は既存の項目とともに、クエリをはじめ、詳細レポートや概要レポートの作成に利用することができます。
• ユーザ定義テーブル -- 自由にユーザ独自のテーブルを作成し、そこにユーザ定義項目を追加することができます。ユーザテーブルは既存のテーブルと同様にクエリで利用したり、ユーザ定義項目の推奨値として利用することもできます。
• ユーザメニュー -- SAP Business One をカスタマイズして、個人用のメニューを作成および管理できます。フォルダの名称変更、フォルダの削除、およびフォルダの順序変更を行うことで、個人の業務要件に応じてこのメニューを構成できます。あるユーザが加えた変更は、ほかのユーザのメニューには影響しません。
• フォーマット検索 -- フォーマット検索機能は柔軟で拡張性の高い入力補助機能です。既存の項目やユーザ定義項目に対し、ユーザー定義値やユーザークエリによる推奨値を表示させたり、画面上の項目の変更をきっかけに指定クエリ実行結果の値を初期値として表示させるなど、入力作業の軽減や入力値の統一などに利用することができます。
• ソフトウェア開発キット（SDK） -- ソフトウェア開発キットは再利用可能なデータインターフェースとユーザインタフェース、画面デザイン、ソフトウェア配布などのツールに加えて、サンプルコード、および文書を含む総合ツールボックスを提供します。標準機能では対応しきれない業界固有のさまざまなニーズに応じた追加機能を柔軟に開発することができます。